@500ac29714a4 謝謝，我又學(xué)到了，我去了解了解~
手拆sanger測(cè)序套峰結(jié)果最近我們連續(xù)解讀了3篇P53在CRISPR-Cas9基因編輯過(guò)程中的影響，目前第4篇還在撰寫(xiě)中。為了調(diào)劑一下文獻(xiàn)閱讀的凝重感，今天咱們更點(diǎn)短小精悍的。在我們之前的推文中提到過(guò)...
發(fā)簡(jiǎn)信
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@燒毛兔子 現(xiàn)在比較少更新了，在忙別的事兒哈哈哈
細(xì)胞周期學(xué)習(xí)筆記，越想簡(jiǎn)單，卻越復(fù)雜的一次學(xué)習(xí)
看文獻(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)很多細(xì)胞周期的內(nèi)容，因此想要簡(jiǎn)單了解一下細(xì)胞周期的內(nèi)容，但是當(dāng)我開(kāi)始看相關(guān)內(nèi)容時(shí)，發(fā)現(xiàn)內(nèi)容越來(lái)越復(fù)雜。若只是了解細(xì)胞周期的大概分布不算什么，最重要的是該了解細(xì)...
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@Type39 由于BbsI是golden-gate方法，按道理酶切之后位點(diǎn)已經(jīng)被破壞，是無(wú)法再自連的。你的情況說(shuō)是挑出克隆之后都是空載，會(huì)不會(huì)有可能你的酶切沒(méi)有完全。還有一些殘余的模板。另外你一定要用你設(shè)計(jì)的gRNA序列以及你用的載體在snapgene里面做一個(gè)golden gate的模擬實(shí)驗(yàn)?？纯词欠衲苷_連上。
CRISPR-Cas9基因編輯3--sgRNA-Cas9質(zhì)粒構(gòu)建
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）[http://www.itdecent.cn/p/e5c...
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@98cb69c247f1 不知道你說(shuō)的是瞬轉(zhuǎn)還是穩(wěn)轉(zhuǎn)，我剛剛說(shuō)的那個(gè)是穩(wěn)轉(zhuǎn)的。
CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（6）正式轉(zhuǎn)染+單克隆細(xì)胞篩選
前期記錄 先確定目標(biāo)基因CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（1）然后對(duì)目的基因進(jìn)行背景調(diào)查CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（2）磨刀不誤砍柴工設(shè)計(jì)sgRNA及引...
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@劉大科 我用的是移碼突變來(lái)進(jìn)行敲除，你說(shuō)的那種是一整個(gè)片段的敲除，設(shè)計(jì)方法是一樣的，具體可以查看一下那些dual gRNA的質(zhì)粒的文章就可以哦
CRISPR-Cas9基因編輯1--背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié) 前言： 每當(dāng)我們接觸新事物時(shí)，都忍不住問(wèn)如下圖所示之哲學(xué)三問(wèn)（當(dāng)然有時(shí)候問(wèn)的是，這是什么？可以吃嗎？怎么做？）： 由于...
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@海盜火 最好是自己重新設(shè)計(jì)哦，自己多查查資料，了解一下這個(gè)基因的特性，自己設(shè)計(jì)看看。
CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設(shè)計(jì)（下）
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上） 前言： 在上一次文章中，我們已經(jīng)得到了在線工具設(shè)計(jì)的sgR...
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@LOG_5b32 不影響，只是又讀取了一遍吧，太久遠(yuǎn)了我不記得了，不好意思哈
轉(zhuǎn)錄組完整的ID轉(zhuǎn)換：biomaRt和gtf
ID轉(zhuǎn)換過(guò)程中會(huì)有基因丟失這件事情，在部分做干實(shí)驗(yàn)的人看來(lái)，是非常正常的。但不做干實(shí)驗(yàn)的濕實(shí)驗(yàn)人知道這件事，心里可能會(huì)有疙瘩。為什么要丟失呢？為什么丟失了不補(bǔ)回來(lái)？ 在分析結(jié)...
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@98cb69c247f1 你好，我很久沒(méi)有登錄了，不好意思回復(fù)晚了。你設(shè)置一個(gè)對(duì)照組，一般來(lái)說(shuō)，對(duì)照組都死絕了你就可以停了。
CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（6）正式轉(zhuǎn)染+單克隆細(xì)胞篩選
前期記錄 先確定目標(biāo)基因CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（1）然后對(duì)目的基因進(jìn)行背景調(diào)查CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（2）磨刀不誤砍柴工設(shè)計(jì)sgRNA及引...
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@e6b267452967 我的是移碼突變
CRISPR-Cas9基因編輯5--不可或缺的sgRNA活性預(yù)實(shí)驗(yàn)
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脫靶效應(yīng)，并且每個(gè)sgRNA的效率都不一樣的，因此在做正式實(shí)驗(yàn)之前，我們要驗(yàn)證sgRNA的效率，之后優(yōu)中選優(yōu)。還是那句話，同樣的目的...
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@47d051d67d1b 如果是我的話，我會(huì)先查文獻(xiàn)，在文獻(xiàn)中能有答案。同時(shí)有一個(gè)叫做depmap的網(wǎng)站，你可以去下載里面的數(shù)據(jù)來(lái)進(jìn)行查詢。不過(guò)一般還是看文獻(xiàn)哦。如果從未有記錄，從未有報(bào)道的話。你可以嘗試查查有沒(méi)有這個(gè)細(xì)胞的全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)，下載下來(lái)自己分析，或者全外顯子測(cè)序也可以。如果都沒(méi)有，那你可以：1. 自己送WGS/WES測(cè)序；2. 自己PCR這段序列，送桑格測(cè)序。其余辦法我尚未想到，希望能幫到你。
細(xì)胞周期學(xué)習(xí)筆記，越想簡(jiǎn)單，卻越復(fù)雜的一次學(xué)習(xí)
看文獻(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)很多細(xì)胞周期的內(nèi)容，因此想要簡(jiǎn)單了解一下細(xì)胞周期的內(nèi)容，但是當(dāng)我開(kāi)始看相關(guān)內(nèi)容時(shí)，發(fā)現(xiàn)內(nèi)容越來(lái)越復(fù)雜。若只是了解細(xì)胞周期的大概分布不算什么，最重要的是該了解細(xì)...
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@金牛座_14dd 不好意思，這個(gè)超出了我的經(jīng)驗(yàn)范圍，我不是很懂呢，不好意思哦~
終于把CRISPR-Cas9基因編輯系統(tǒng)這篇文章看完個(gè)大概了。
Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system 這篇文章真的看了好久，就算一開(kāi)始秉承著不求甚解的精神都看不下去，有太多的專(zhuān)業(yè)背...
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@VvO 其實(shí)我可能不太清楚你的操作是什么，因?yàn)槲沂寝D(zhuǎn)入到細(xì)胞中，在細(xì)胞中完成切割，然后提取gDNA進(jìn)行PCR，把PCR產(chǎn)物跑膠，切膠回收之后再做切割活性檢測(cè)，就是T7EI酶切實(shí)驗(yàn)。
不知道你的操作過(guò)程是否跟我的一樣，如果是一樣的，DNA模板是PCR切膠回收過(guò)后的，比較純并且量也大，不太可能會(huì)出現(xiàn)消失的情況哦。CRISPR-Cas9基因編輯5--不可或缺的sgRNA活性預(yù)實(shí)驗(yàn)
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脫靶效應(yīng)，并且每個(gè)sgRNA的效率都不一樣的，因此在做正式實(shí)驗(yàn)之前，我們要驗(yàn)證sgRNA的效率，之后優(yōu)中選優(yōu)。還是那句話，同樣的目的...
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@e6b267452967 不好意思這是我很久之前查的，圖中截圖就是我在該公司截的，但是具體哪個(gè)公司忘了，現(xiàn)在再搜索我也搜索不到了，只看到abcam有一株：Human PTEN knockout A549 cell line (ab286704) 顯示19 bp deletion。或許像你說(shuō)的那樣，曾經(jīng)公司標(biāo)注，之后取消了這些信息呢。
CRISPR-Cas9基因編輯1--背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié) 前言： 每當(dāng)我們接觸新事物時(shí)，都忍不住問(wèn)如下圖所示之哲學(xué)三問(wèn)（當(dāng)然有時(shí)候問(wèn)的是，這是什么？可以吃嗎？怎么做？）： 由于...
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@VvO 其實(shí)我在做sgRNA體外活性驗(yàn)證的時(shí)候也遇到過(guò)很低的條帶，原因就是可能off-target很多，并且造成了很多種切割結(jié)果，導(dǎo)致條帶彌散。最好還是一次多試幾個(gè)sgRNA，這樣能盡量選擇合意的，以免后面白做，畢竟我們做一次不容易啊。希望能幫到你。
CRISPR-Cas9基因編輯不只是剪開(kāi)DNA這么簡(jiǎn)單
前言 我只是搬運(yùn)工，這部分內(nèi)容我參考的內(nèi)容有：CRISPR Editing is All About DNA Repair MechanismsCRISPR-guideMME...
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@98cb69c247f1 直接跑哦，不需要過(guò)濾哦~
CRISPR-Cas9基因編輯4--確定Cas9質(zhì)粒構(gòu)建成功+漂亮的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）[http://www.itdecent.cn/p/e5c...
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一文解決Cellphonedb單細(xì)胞互作分析及可視化作圖（1）CellPhoneDB作為出鏡率很高的細(xì)胞互作分析工具，也是大家公認(rèn)的。網(wǎng)上有很多教程，按理說(shuō)在自己?jiǎn)渭?xì)胞系列也應(yīng)該出一個(gè)教程，但是由于CellPhoneDB是基于pytho...
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細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識(shí)以及常見(jiàn)細(xì)胞分泌信號(hào)通路[http://www.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器[https:/...
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@一直在努力的科研小白 沒(méi)有特殊加什么，就是10% FBS的1640，我們組養(yǎng)細(xì)胞連雙抗偶讀不加，或許你還要查查有無(wú)支原體污染之類(lèi)的。我們THP-1狀態(tài)是比較不錯(cuò)的
CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（6）正式轉(zhuǎn)染+單克隆細(xì)胞篩選
前期記錄 先確定目標(biāo)基因CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（1）然后對(duì)目的基因進(jìn)行背景調(diào)查CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（2）磨刀不誤砍柴工設(shè)計(jì)sgRNA及引...
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@一直在努力的科研小白 由于我沒(méi)養(yǎng)過(guò)這個(gè)巨噬細(xì)胞，所以不是特別了解。不過(guò)首先要確定你敲除的這個(gè)基因不會(huì)影響細(xì)胞增殖，不是一個(gè)生存必須的基因。其次只能說(shuō)擴(kuò)大實(shí)驗(yàn)范圍，我們課題組在挑THP-1單克隆的小伙伴也表示這個(gè)細(xì)胞一個(gè)96孔板挑下來(lái)也只能挑到十個(gè)左右而已，看來(lái)這個(gè)細(xì)胞本身個(gè)頭就是特別小又很脆弱的樣子呢。
CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（6）正式轉(zhuǎn)染+單克隆細(xì)胞篩選
前期記錄 先確定目標(biāo)基因CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（1）然后對(duì)目的基因進(jìn)行背景調(diào)查CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)全記錄（2）磨刀不誤砍柴工設(shè)計(jì)sgRNA及引...