CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 -
空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡(jiǎn)介 ??目前，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平，但卻無法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（八）：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷第八節(jié)：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)如何通過擬時(shí)序分析推斷細(xì)胞分化軌跡。slingshot包可以對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞分化譜系構(gòu)建和偽時(shí)間推斷，它...
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記錄運(yùn)行scvelo過程中的報(bào)錯(cuò)TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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可能是最全的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)匯總（2023更新版本）
Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雙細(xì)胞判別軟件scDblFinder起因：最近有個(gè)問題樣本，跑完cellranger，樣本的cellranger結(jié)果如下，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中，線粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高，用scDb...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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NicheNet分析-1.順一遍step_by_step的流程和CellphoneDB不同之處在于重點(diǎn)在受體下游基因\pathway激活情況來看配體的活性 NicheNet can predict which ligands from ...
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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miloR分析-基于 KNN 圖的細(xì)胞差異豐度分析方法
參考1、后續(xù)分析 https://mp.weixin.qq.com/s/0A9hiXqV1RfWz8UAnratAA[https://mp.weixin.qq.com/s/0...
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【生信實(shí)戰(zhàn)】從馬賽克到4K，極度震撼的Visium HD空間轉(zhuǎn)錄組近日10X終于發(fā)布了他們擁有亞細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品，并給出了一些列的測(cè)試數(shù)據(jù)。今天帶大家進(jìn)行一些基本的探索與實(shí)戰(zhàn) 1 數(shù)據(jù)下載 這里筆者選擇了10X給到的小鼠的腦組織進(jìn)...
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單細(xì)胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc實(shí)現(xiàn)10x單細(xì)胞ATAC和單細(xì)胞RNA的上游分析。 為什么做單細(xì)胞ATAC分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組是單細(xì)胞技術(shù)中較為常用的方法，它分析的...
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nature級(jí)別圖表：一個(gè)注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細(xì)胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫過一個(gè)函數(shù)，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級(jí)別圖表：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計(jì)可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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【單細(xì)胞】ggplot2美化monocle2軌跡展示結(jié)果前面測(cè)試過monocle2/3，但是在畫圖的時(shí)候，尤其是用默認(rèn)軟件畫圖的時(shí)候總是覺得不夠好看。比如下面這個(gè)paper中的數(shù)據(jù)（https://pubmed.ncbi.nlm....
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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Monocle2擬時(shí)序報(bào)錯(cuò)：Error in orderCells: long vectors not supported yet
Error in orderCells: long vectors not supported yet 報(bào)錯(cuò)的具體信息： 這個(gè)報(bào)錯(cuò)的原因是細(xì)胞數(shù)量太多導(dǎo)致矩陣太大，在mono...
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CytoTRACE：推斷擬時(shí)細(xì)胞起點(diǎn)輔助在做monocle的時(shí)候，我們最糾結(jié)的地方莫過于確定細(xì)胞的起點(diǎn)了。如果是比較明確的分析知道起點(diǎn)，或者有參考文獻(xiàn)，結(jié)合自己的生物學(xué)背景能夠推斷還好，可是如果自己一篇空白，該怎么...
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Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：軌跡分析PAGAScanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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Seurat的三種單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)由于實(shí)驗(yàn)平臺(tái)或樣本等原因會(huì)造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒有實(shí)際的生物學(xué)意義，...