一、背景簡述 腫瘤微環(huán)境（Tumor micro-environment, TME）是指腫瘤細(xì)胞周圍異于正常內(nèi)環(huán)境的微環(huán)境，具有缺氧、慢性炎癥及免疫抑制的三個(gè)特征。TME 包...
IP屬地：河北
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單細(xì)胞軟件學(xué)習(xí)--泛癌的TME細(xì)胞類型分類工具scATOMIC（single cell annotation of tumour microenvironments in pan-cancer ... -
KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個(gè)軟件(或數(shù)據(jù)庫)，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫
signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫CancerSEA - 癌癥單細(xì)胞KIT（腎臟單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCel...
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第九章 通過Snakemake實(shí)現(xiàn)流程自動(dòng)化 Pipeline Automation via Snakemake
介紹 憑借經(jīng)濟(jì)高效的全基因組測序和廣泛公開的數(shù)據(jù)，新一代生物信息學(xué)方法進(jìn)入了超高通量領(lǐng)域。例如，最近發(fā)表的覆蓋度超過30x的 10 多個(gè)小麥基因組的組裝或用泛基因組取代單一參...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說起個(gè)別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字，S...
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可以再win10 的Linux 子系統(tǒng)上裝上述軟件，也可以在win10 安裝Anaconda3 后在cmd 中運(yùn)行。不過建議還是在集群或者超算上運(yùn)行，比對(duì)分析挺費(fèi)資源且需要大量的時(shí)間。
MISO 可視化學(xué)習(xí)
miso是一個(gè)可變剪接可視化軟件，對(duì)mRNA水平或者外顯子水平的可變進(jìn)行可視化； 官網(wǎng) https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/#vi...
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單細(xì)胞類型鑒定--- cell marker gene
cell maker cancer cells:EPCAM, CD24, SOX4, KRT18 T cells: CD2, CD3D, TRAC, TRBC2 Treg...
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玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞(3)：堆疊柱狀圖添加比例
每次解決一個(gè)小問題，久而久之，你就解決了一個(gè)大麻煩： 單細(xì)胞比例的展示，常見的是堆疊柱狀圖，但是有一個(gè)小問題，比較上不明顯，那么如果將文字比例添加到圖上，那么就一目了然了。使...
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單細(xì)胞軌跡分析之應(yīng)用篇作者，Evil Genius 最近見到了很多研究者，真的是不把單細(xì)胞軌跡分析當(dāng)回事，拿到樣本不定義直接跑monocle，這能對(duì)么？我看了都著急，基本理論要多多學(xué)習(xí)啊~~~，網(wǎng)...
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@李丹揚(yáng) 感謝，我也在github上找到了一些早期的函數(shù)具體信息。其他網(wǎng)友也反饋了這個(gè)情況，作者正在重構(gòu)R包。
基于單細(xì)胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記，凎！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團(tuán)隊(duì)將代碼無私的分享出來=。=！ 本流程需要一點(diǎn)點(diǎn)R語言與linux基...
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我也在測試中遇到了這個(gè)問題，請(qǐng)問您是如何解決的？我想是不是軟件包迭代后這個(gè)函數(shù)變了，或者其他原因？
基于單細(xì)胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記，凎！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團(tuán)隊(duì)將代碼無私的分享出來=。=！ 本流程需要一點(diǎn)點(diǎn)R語言與linux基...
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conda 環(huán)境中默認(rèn)加載libPath情況一般在conda創(chuàng)建的環(huán)境中，安裝R軟件是安裝在 miniconda3/env/your_env/lib/R/library 目錄，但是后期在安裝其他軟件時(shí)，會(huì)在 家目錄下創(chuàng)...
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小鵬_噠噠噠 ·
你這是誤人子弟啊，真正的原因親測是沒有安裝BiocParallel包。最初的報(bào)錯(cuò)是找不到register函數(shù)，而不是無法多核運(yùn)行，之前手?jǐn)]RcisTarget的時(shí)候測試過win10上用R是可以多核運(yùn)行的，另外源碼里調(diào)用register函數(shù)前一行就是library(BiocParallel)...
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生信分析 公共數(shù)據(jù)庫 SRR 數(shù)據(jù)下載第一種，在EBI 查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home[https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/ho...
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RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò)單細(xì)胞技術(shù)正在加強(qiáng)我們對(duì)細(xì)胞本身的理解。什么是細(xì)胞類型，不就是基因選擇性表達(dá)的結(jié)果嗎？而基因的選擇表達(dá)受到一系列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，在這個(gè)意義上，細(xì)胞命運(yùn)背后的驅(qū)動(dòng)力在于各自轉(zhuǎn)錄因子...
