簡介 Markdown 是一種輕量級標記語言，它用簡潔的語法代替排版，使我們專心于碼字。它的目標是實現(xiàn)易讀易寫，成為一種適用于網(wǎng)絡(luò)的書寫語言。同時，Markdown支持嵌入h...
發(fā)簡信
IP屬地：山西
-
Markdown的常用語法(個人總結(jié))
-
不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
-
一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
-
請問FindIntegrationAnchors那里的圖片有出處嗎？還是自己做的啊
單細胞數(shù)據(jù)整合分析之尋找最近鄰（k.anchor、k.filter、k.score、MNN）
在單細胞數(shù)據(jù)中，整合方法是我們用到的最常用的算法，至于函數(shù)當(dāng)然是FindIntegrationAnchors，但是其中有些內(nèi)容我們需要深入了解一下，在這里我們就需要來弄明白整...
-
seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤，發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入，想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響，我們需要對單細胞counts矩...
-
Seurat對象、SingleCellExperiment對象和scanpy對象的轉(zhuǎn)化Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
-
Seurat包之導(dǎo)入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
-
-
R-ggplot2-說說繪圖中顏色的這點事-應(yīng)該是比較全的總結(jié)篇0. 問題導(dǎo)入 之前繪圖的時候，我經(jīng)常會去RGB顏色對照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手動去摘選顏色碼，然后手動粘到g...
-
生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
-
ATAC-seq ENCODE流程我突然發(fā)現(xiàn)我們的超算上有大名頂頂?shù)腅NCODE數(shù)據(jù)庫ATAC-seq的分析流程，對于個人而言也可以輕松安裝并進行調(diào)用[https://github.com/ENCODE-DC...
-
三維基因組中的開放染色質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（二）
文章來源：科研圈2018-05-12 北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院賈璐萌，李亭亭（李程研究組） 上回說到Hi-C更適用于研究大尺Hi度上的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，而不適用于研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件之間的...
-
Nature Reviews Genetics：3D基因組組織工程今天是在NYU搬磚的最后一天了~ 下周一就要去MSKCC報道了。心里還是有一些些小惆悵的~ 但是文獻的學(xué)習(xí)還是不能停下的，不然到新的實驗室會鬧笑話~這篇筆記記錄的是一篇發(fā)表在...
-
三維基因組學(xué)基礎(chǔ)知識與前沿進展
-
DNA loop是什么——Loop結(jié)構(gòu)學(xué)習(xí)摸索了很久，在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學(xué)的專題內(nèi)容，因此在學(xué)習(xí)的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來，希望對后來的像我這樣的學(xué)生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
-
TT-seq文獻閱讀(TT-seq maps the human transient transcriptome)今天的筆記是關(guān)于另一種RNA測序的方法，稱為TT-seq。其實這些測序方法在幾年前被人們所使用了，但是因為自己并不了解這些知識，所以要慢慢的補起來。 文獻題目：TT-seq ...
-
PRO-seq文獻閱讀Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
-
零膨脹負二項模型（ZINB，10X單細胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)知識）學(xué)習(xí)一點簡單的基礎(chǔ)知識 單細胞RNA測序(single-cell RNA-seq，scRNA-seq)數(shù)據(jù)是非常有特點的數(shù)據(jù)，具有很高的稀疏性(high sparsity)，...
-
ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
-
你考慮過computeMatrix的工作原理么?寫在前面的話 你既然點進來了，說明你多半用過這個軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個軟件的時候，一定是趕鴨子上架：因為要畫圖，所以必須會。 但你真的懂了么？ 太長不看系列 對于...
