簡(jiǎn)介 Markdown 是一種輕量級(jí)標(biāo)記語(yǔ)言，它用簡(jiǎn)潔的語(yǔ)法代替排版，使我們專心于碼字。它的目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)易讀易寫，成為一種適用于網(wǎng)絡(luò)的書(shū)寫語(yǔ)言。同時(shí)，Markdown支持嵌入h...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江西
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Markdown的常用語(yǔ)法(個(gè)人總結(jié))
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不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書(shū)鎖了
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一文闡述鏈特異性測(cè)序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對(duì)于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個(gè)問(wèn)題的理解給...
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請(qǐng)問(wèn)FindIntegrationAnchors那里的圖片有出處嗎？還是自己做的啊
單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析之尋找最近鄰（k.anchor、k.filter、k.score、MNN）
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)中，整合方法是我們用到的最常用的算法，至于函數(shù)當(dāng)然是FindIntegrationAnchors，但是其中有些內(nèi)容我們需要深入了解一下，在這里我們就需要來(lái)弄明白整...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤，發(fā)現(xiàn)很多知識(shí)點(diǎn)理解并不深入，想對(duì)這些不清晰的知識(shí)點(diǎn)重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫(kù)測(cè)序深度的影響，我們需要對(duì)單細(xì)胞counts矩...
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Seurat對(duì)象、SingleCellExperiment對(duì)象和scanpy對(duì)象的轉(zhuǎn)化Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)，會(huì)遇到常見(jiàn)各種單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對(duì)象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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R-ggplot2-說(shuō)說(shuō)繪圖中顏色的這點(diǎn)事-應(yīng)該是比較全的總結(jié)篇0. 問(wèn)題導(dǎo)入 之前繪圖的時(shí)候，我經(jīng)常會(huì)去RGB顏色對(duì)照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手動(dòng)去摘選顏色碼，然后手動(dòng)粘到g...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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ATAC-seq ENCODE流程我突然發(fā)現(xiàn)我們的超算上有大名頂頂?shù)腅NCODE數(shù)據(jù)庫(kù)ATAC-seq的分析流程，對(duì)于個(gè)人而言也可以輕松安裝并進(jìn)行調(diào)用[https://github.com/ENCODE-DC...
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三維基因組中的開(kāi)放染色質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（二）
文章來(lái)源：科研圈2018-05-12 北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院賈璐萌，李亭亭（李程研究組） 上回說(shuō)到Hi-C更適用于研究大尺Hi度上的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，而不適用于研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件之間的...
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Nature Reviews Genetics：3D基因組組織工程今天是在NYU搬磚的最后一天了~ 下周一就要去MSKCC報(bào)道了。心里還是有一些些小惆悵的~ 但是文獻(xiàn)的學(xué)習(xí)還是不能停下的，不然到新的實(shí)驗(yàn)室會(huì)鬧笑話~這篇筆記記錄的是一篇發(fā)表在...
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三維基因組學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)與前沿進(jìn)展
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DNA loop是什么——Loop結(jié)構(gòu)學(xué)習(xí)摸索了很久，在中文網(wǎng)沒(méi)有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學(xué)的專題內(nèi)容，因此在學(xué)習(xí)的過(guò)程中想把這寫內(nèi)容記錄下來(lái)，希望對(duì)后來(lái)的像我這樣的學(xué)生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
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TT-seq文獻(xiàn)閱讀(TT-seq maps the human transient transcriptome)今天的筆記是關(guān)于另一種RNA測(cè)序的方法，稱為TT-seq。其實(shí)這些測(cè)序方法在幾年前被人們所使用了，但是因?yàn)樽约翰⒉涣私膺@些知識(shí)，所以要慢慢的補(bǔ)起來(lái)。 文獻(xiàn)題目：TT-seq ...
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PRO-seq文獻(xiàn)閱讀Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
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零膨脹負(fù)二項(xiàng)模型（ZINB，10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)知識(shí)）學(xué)習(xí)一點(diǎn)簡(jiǎn)單的基礎(chǔ)知識(shí) 單細(xì)胞RNA測(cè)序(single-cell RNA-seq，scRNA-seq)數(shù)據(jù)是非常有特點(diǎn)的數(shù)據(jù)，具有很高的稀疏性(high sparsity)，...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過(guò)的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個(gè)公眾號(hào)也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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你考慮過(guò)computeMatrix的工作原理么?寫在前面的話 你既然點(diǎn)進(jìn)來(lái)了，說(shuō)明你多半用過(guò)這個(gè)軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個(gè)軟件的時(shí)候，一定是趕鴨子上架：因?yàn)橐媹D，所以必須會(huì)。 但你真的懂了么？ 太長(zhǎng)不看系列 對(duì)于...
