簡(jiǎn)介 Markdown 是一種輕量級(jí)標(biāo)記語(yǔ)言,它用簡(jiǎn)潔的語(yǔ)法代替排版,使我們專心于碼字。它的目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)易讀易寫,成為一種適用于網(wǎng)絡(luò)的書(shū)寫語(yǔ)言。同時(shí),Markdown支持嵌入h...
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小小的眼睛里,裝著……大大的疑惑 全文2800字,傷腦筋…… 今天嘗試把自己對(duì)于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個(gè)問(wèn)題的理解給...
請(qǐng)問(wèn)FindIntegrationAnchors那里的圖片有出處嗎?還是自己做的啊
單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析之尋找最近鄰(k.anchor、k.filter、k.score、MNN)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)中,整合方法是我們用到的最常用的算法,至于函數(shù)當(dāng)然是FindIntegrationAnchors,但是其中有些內(nèi)容我們需要深入了解一下,在這里我們就需要來(lái)弄明白整...
年底復(fù)盤,發(fā)現(xiàn)很多知識(shí)點(diǎn)理解并不深入,想對(duì)這些不清晰的知識(shí)點(diǎn)重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫(kù)測(cè)序深度的影響,我們需要對(duì)單細(xì)胞counts矩...
Seurat官網(wǎng):https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí),會(huì)遇到常見(jiàn)各種單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)格式?,F(xiàn)總結(jié)如下,方便自己日后調(diào)用,以創(chuàng)建Seurat對(duì)象(1)barcodes.tsv.gz、features.tsv....
0. 問(wèn)題導(dǎo)入 之前繪圖的時(shí)候,我經(jīng)常會(huì)去RGB顏色對(duì)照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手動(dòng)去摘選顏色碼,然后手動(dòng)粘到g...
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables(USC...
我突然發(fā)現(xiàn)我們的超算上有大名頂頂?shù)腅NCODE數(shù)據(jù)庫(kù)ATAC-seq的分析流程,對(duì)于個(gè)人而言也可以輕松安裝并進(jìn)行調(diào)用[https://github.com/ENCODE-DC...
文章來(lái)源:科研圈2018-05-12 北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院賈璐萌,李亭亭(李程研究組) 上回說(shuō)到Hi-C更適用于研究大尺Hi度上的染色質(zhì)結(jié)構(gòu),而不適用于研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件之間的...
今天是在NYU搬磚的最后一天了~ 下周一就要去MSKCC報(bào)道了。心里還是有一些些小惆悵的~ 但是文獻(xiàn)的學(xué)習(xí)還是不能停下的,不然到新的實(shí)驗(yàn)室會(huì)鬧笑話~這篇筆記記錄的是一篇發(fā)表在...
學(xué)習(xí)摸索了很久,在中文網(wǎng)沒(méi)有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學(xué)的專題內(nèi)容,因此在學(xué)習(xí)的過(guò)程中想把這寫內(nèi)容記錄下來(lái),希望對(duì)后來(lái)的像我這樣的學(xué)生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
今天的筆記是關(guān)于另一種RNA測(cè)序的方法,稱為TT-seq。其實(shí)這些測(cè)序方法在幾年前被人們所使用了,但是因?yàn)樽约翰⒉涣私膺@些知識(shí),所以要慢慢的補(bǔ)起來(lái)。 文獻(xiàn)題目:TT-seq ...
Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
學(xué)習(xí)一點(diǎn)簡(jiǎn)單的基礎(chǔ)知識(shí) 單細(xì)胞RNA測(cè)序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)數(shù)據(jù)是非常有特點(diǎn)的數(shù)據(jù),具有很高的稀疏性(high sparsity),...
這是目前為止我看到過(guò)的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述,感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新:我看到一個(gè)公眾號(hào)也翻譯了這篇文章,而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
寫在前面的話 你既然點(diǎn)進(jìn)來(lái)了,說(shuō)明你多半用過(guò)這個(gè)軟件。但我猜,大多數(shù)人早期使用這個(gè)軟件的時(shí)候,一定是趕鴨子上架:因?yàn)橐媹D,所以必須會(huì)。 但你真的懂了么? 太長(zhǎng)不看系列 對(duì)于...