生信坑底躺著不動的男人<br>簡書不常在，有問題可私信
發(fā)簡信
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學習了文獻CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學習如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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m6A甲基化數(shù)據(jù)分析流程前面我們簡單介紹過m6A RNA甲基化修飾特征[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__...
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ggplot2一頁多圖排版的簡便方法更好的閱讀體驗>> 要想在同一頁面上排列多個ggplot2圖形，基本的R函數(shù)par() 和 layout()是無效的。解決方案之一是使用 gridExtra包中的一些函數(shù)來排...
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R語言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用motifStack包...
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個性化ChIPseeker注釋peak結(jié)果，基因 or 功能區(qū)類型隨心選，好用的腳本等你來取??ChIP-seq、ATAC-seq等獲取到基因組范圍內(nèi)的peak后，需要對其進行基因注釋以便進行后續(xù)的分析。ChIPseeker做為peak注釋的R包，用來很不錯，但有時...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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methylKit甲基化分析
引言 methylKit是一個R軟件包，用于分析和注釋通過高通量亞硫酸氫鹽測序獲得的DNA甲基化信息。該軟件包旨在處理RRBS及其變體的測序數(shù)據(jù)。但是，如果提供正確的輸入格式...
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limma、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標。差異表達分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq、limma和edgeR；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
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limma的兩個弟弟：edgeR和DESeq201—研究背景 上一篇公眾號我們?yōu)榇蠹以敿毜慕榻B了R軟件包limma篩選差異基因，limma包做差異分析要求數(shù)據(jù)滿足正態(tài)分布或近似正態(tài)分布，如基因芯片、TPM格式的高通量測序...
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基因組瀏覽器IGV實踐IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款針對高通量測序數(shù)據(jù)進行可視化的專業(yè)軟件。 軟件安裝軟件下載,運行需要 Java 的運行環(huán)境。 優(yōu)點滿足...
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Illumina HumanMethylation450 BeadChip (甲基化450k芯片) 初探一、Illumina HumanMethylation450 BeadChip （甲基化450k芯片）簡介Illumina最早的甲基化芯片是27K（K代表1000，表示大概可...
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第4篇：對ATAC-Seq/ChIP-seq的質(zhì)量評估（一）——phantompeakqualtools學習目標： 探討ChIP-seq數(shù)據(jù)質(zhì)量低的來源 理解鏈交叉相關(guān)性（ strand cross-correlation） 使用phantompeakqualtools計算交叉...
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Linux結(jié)構(gòu)化語句-條件與循環(huán)Linux結(jié)構(gòu)化語句 條件語句 if循環(huán)語句: for 循環(huán)和 while循環(huán) 條件語句 if if 條件語句的常見格式如下，注意空格 有頭有尾，一個if 就要對應(yīng)一個 fi...
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samtools flagstat 統(tǒng)計結(jié)果的理解
比對結(jié)束后，需要了解比對結(jié)果的情況，可以采用samtools flagstat進行統(tǒng)計samtools flagstat統(tǒng)計bam文件比對后每一個參數(shù)的解釋如下： 如果有些結(jié)...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學習到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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ATAC-seq指南(一) ATAC-seq Guidelines(1)寫在前面（19.11.14，11.19） 最近需要寫一份博士研究計劃，感覺最近單細胞RNA-seq（scRNA-seq）和單細胞ATAC-seq（scATAC-seq）聯(lián)合分...
