前幾天學習了文獻CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039],了解了原理以后,可以跟著官網(wǎng)來學習如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
前面我們簡單介紹過m6A RNA甲基化修飾特征[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__...
更好的閱讀體驗>> 要想在同一頁面上排列多個ggplot2圖形,基本的R函數(shù)par() 和 layout()是無效的。解決方案之一是使用 gridExtra包中的一些函數(shù)來排...
27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用motifStack包...
??ChIP-seq、ATAC-seq等獲取到基因組范圍內(nèi)的peak后,需要對其進行基因注釋以便進行后續(xù)的分析。ChIPseeker做為peak注釋的R包,用來很不錯,但有時...
由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了,前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳,所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白,也剛剛了解NG...
引言 methylKit是一個R軟件包,用于分析和注釋通過高通量亞硫酸氫鹽測序獲得的DNA甲基化信息。該軟件包旨在處理RRBS及其變體的測序數(shù)據(jù)。但是,如果提供正確的輸入格式...
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標。差異表達分析方法包括:基于Read數(shù)目:DESeq、limma和edgeR;基于組裝技術(shù):Cuffdif和...
01—研究背景 上一篇公眾號我們?yōu)榇蠹以敿毜慕榻B了R軟件包limma篩選差異基因,limma包做差異分析要求數(shù)據(jù)滿足正態(tài)分布或近似正態(tài)分布,如基因芯片、TPM格式的高通量測序...
IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款針對高通量測序數(shù)據(jù)進行可視化的專業(yè)軟件。 軟件安裝軟件下載,運行需要 Java 的運行環(huán)境。 優(yōu)點滿足...
一、Illumina HumanMethylation450 BeadChip (甲基化450k芯片)簡介Illumina最早的甲基化芯片是27K(K代表1000,表示大概可...
學習目標: 探討ChIP-seq數(shù)據(jù)質(zhì)量低的來源 理解鏈交叉相關(guān)性( strand cross-correlation) 使用phantompeakqualtools計算交叉...
Linux結(jié)構(gòu)化語句 條件語句 if循環(huán)語句: for 循環(huán)和 while循環(huán) 條件語句 if if 條件語句的常見格式如下,注意空格 有頭有尾,一個if 就要對應(yīng)一個 fi...
比對結(jié)束后,需要了解比對結(jié)果的情況,可以采用samtools flagstat進行統(tǒng)計samtools flagstat統(tǒng)計bam文件比對后每一個參數(shù)的解釋如下: 如果有些結(jié)...
寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了,相關(guān)腳本、教程也很多,但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間,但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學習到很多新的知識,不斷記錄反思,也...
寫在前面(19.11.14,11.19) 最近需要寫一份博士研究計劃,感覺最近單細胞RNA-seq(scRNA-seq)和單細胞ATAC-seq(scATAC-seq)聯(lián)合分...