安裝PopLDdecay時報錯1.使用conda 安裝 但是這么安裝的時候~/miniconda3/envs/PopLDdecay/bin路徑下只有PopLDdecay程序，...
發(fā)簡信
IP屬地：安徽
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2025-09-19
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Admixtools的使用 - 以D統(tǒng)計和f4統(tǒng)計(qpDstat)為例-2. 僅作筆記，僅介紹軟件的使用，不涉及原理 -1. 使用的是SNP的數(shù)據(jù)/vcf文件 https://github.com/DReichLab/AdmixTools 0....
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從群體基因組數(shù)據(jù)推斷祖先
最近看了一篇綜述，粗略翻譯一下文獻(xiàn)：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from population genomi...
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LInux命令行光標(biāo)移動
當(dāng)在Linux命令行中操作時，以下是一些常用的光標(biāo)操作技巧：移動光標(biāo)到行首：Ctrl + a移動光標(biāo)到行尾：Ctrl + e移動光標(biāo)到上一個單詞的開頭：Ctrl + ←移動光...
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R繪制優(yōu)美的進(jìn)化樹（基礎(chǔ)）這篇文章主要是介紹繪制進(jìn)化樹用的ggtree以及一些拓展包的基礎(chǔ)用法，因為gg系列繪圖的邏輯基本是搭積木，這種介紹性的文章能夠幫助快速的找到想要的“積木”以及拼接的方法，剩下...
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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基于Vcf文件進(jìn)行基因單倍型分析單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學(xué)上是指...
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用R語言對vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.10 利用vcf信息判斷物種染色體倍數(shù)目錄 前言[http://www.itdecent.cn/p/729673778e43] 方法簡介[http://www.itdecent.cn/p/d9bd081763...
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不好意思，我沒有報過這個錯，不過你可以檢查seqid和layout文件，這兩個文件不要在Windows系統(tǒng)生成，你直接在linux系統(tǒng)中復(fù)制粘貼。
[比較基因組] 共線性分析（jcvi）
jcvi軟件的使用 官網(wǎng)[https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/300] 軟件下載 3 測試數(shù)據(jù)下載（下載前去Phytozome...
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PLINK+TASSEL做GWAS+Post-GWAS分析此視頻來自B站，是非常好和全的的一個GWAS操作的視頻，從開始準(zhǔn)備軟件下載，數(shù)據(jù)過濾，到最后的候選基因注釋。GWAS的實戰(zhàn)視頻https://www.bilibili.com...
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Linux中安裝R包pophelper
R包版本首先使用conda下載devtools 進(jìn)入R并使用devtools下載pophelper 如圖 成功安裝pophelper包 還不成功的話，可以直接用conda安裝...
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【Linux小筆記】無root權(quán)限時如何安裝軟件
在服務(wù)器上經(jīng)常遇到需要安裝某個軟件包的時候發(fā)現(xiàn)需要root權(quán)限才可以執(zhí)行編譯以進(jìn)行安裝。那么除了向管理員申請superuser的權(quán)限這樣比較麻煩的處理以外就需要掌握如何在沒有...
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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹：貝葉斯法建樹寫在前面：我對建樹也是一知半解，這里只是想記錄一下自己跟別人學(xué)習(xí)的建樹方法，可能不具有普適性。但畢竟寫在公眾平臺，大家選擇性參考。 主要的步驟包括用jModelTest來選擇...
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序列比對軟件 MUMmer 結(jié)果可讀化處理（四）
關(guān)于該軟件的計算可選參數(shù)以及結(jié)果文件的解讀，見前三篇分享： 序列比對軟件 MUMmer 快速上手（一）[http://www.itdecent.cn/writer#/not...
