最近需要畫(huà)LD block,之前一直用haploview軟件畫(huà)，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態(tài)位點(diǎn)，輸入的變異位點(diǎn)不能太多等。動(dòng)不動(dòng)就報(bào)錯(cuò)。 最近試了一下另...
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推薦一個(gè)畫(huà)連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測(cè)比haploview好用！
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基于Vcf文件進(jìn)行基因單倍型分析單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡(jiǎn)稱(chēng)，在遺傳學(xué)上是指...
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Post-GWAS-LD圖與基因，關(guān)聯(lián)結(jié)果一起可視化IntAssoplot包可以將GWAS結(jié)果和LD， 基因結(jié)構(gòu)圖整合在一起畫(huà)出。介紹來(lái)自：https://github.com/whweve/IntAssoPlot[https...
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群體遺傳 || Pophelper-群體結(jié)構(gòu)可視化學(xué)習(xí)
Pophelper基本說(shuō)明 群體遺傳下游分析中的一項(xiàng)常規(guī)分析即是群體結(jié)構(gòu)的分層展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系統(tǒng)樹(shù)和PCA，群體結(jié)構(gòu)分層可以分?jǐn)喑鲂∪后w...
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VCFtools的使用(參數(shù)說(shuō)明)
寫(xiě)在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)，更需要對(duì)此格式對(duì)應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）。在多次花時(shí)間寫(xiě)腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務(wù)其實(shí)...
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vcftools安裝及基礎(chǔ)用法
vcftools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過(guò)濾的工具，功能非常強(qiáng)大，而且運(yùn)算速度也很快。 1.下載及安裝 1.1 下載地址 http://vcftool...
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@Wei_Sun 挺好用的，費(fèi)了老大勁終于裝好了，謝謝Wei_sun老師
vcftools安裝及基礎(chǔ)用法
vcftools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過(guò)濾的工具，功能非常強(qiáng)大，而且運(yùn)算速度也很快。 1.下載及安裝 1.1 下載地址 http://vcftool...
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hapmap 格式 轉(zhuǎn)化為Plink格式方法
1.需求說(shuō)明 進(jìn)行重測(cè)序或者GBS時(shí)，hapmap是比較常見(jiàn)的格式，生信中經(jīng)常使用這種格式。但是在GWAS和GS中，數(shù)據(jù)篩選，質(zhì)控，構(gòu)建矩陣都是使用的plink的格式。本文介...
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5. GWAS：群體結(jié)構(gòu)——Admixture群體結(jié)構(gòu)是指材料的亞群分化情況，會(huì)導(dǎo)致標(biāo)記間的非連鎖關(guān)聯(lián)，進(jìn)而導(dǎo)致關(guān)聯(lián)分析結(jié)果出現(xiàn)假陽(yáng)性。 地理隔離、人工選擇、移民和遺傳漂變等都可能導(dǎo)致群體分化。 是指遺傳變異在物種或群體...
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群體結(jié)構(gòu)分析
目的：對(duì)群體結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系進(jìn)行評(píng)估以確定使用的統(tǒng)計(jì)模型和獲得相應(yīng)的矩陣 評(píng)估內(nèi)容（遺傳上差異過(guò)大應(yīng)剔除，相似性高的保留其一） Structure是與PCA、進(jìn)化樹(shù)相似的方法，...
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8. GWAS：親緣關(guān)系——TASSEL&GCTA? 指在非家系群體或系譜不明確的群體中兩特定材料之間的遺傳相似度與任意材料之間的遺傳相似度的相對(duì)值； ? 材料間不平衡的血緣關(guān)系是導(dǎo)致標(biāo)記出現(xiàn)非連鎖相關(guān)的另一個(gè)重要原因，小家...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系1、群體結(jié)構(gòu)及其對(duì) GWAS 的影響 群體結(jié)構(gòu)的來(lái)源image.png群體結(jié)構(gòu)對(duì)GWAS的影響--混淆變量Ancestry可以導(dǎo)致混淆變量（confounding varia...
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3.1 GWAS：表型鑒定與記錄的基本原則和原始數(shù)據(jù)處理精確的表型檢測(cè)是關(guān)聯(lián)分析的關(guān)鍵，GWAS對(duì)數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀都適用。 1.各類(lèi)性狀的特點(diǎn)及鑒定與考察建議 2.表型的基本處理 2.1 正態(tài)性檢驗(yàn) 關(guān)聯(lián)分析屬于線(xiàn)性模型，要求...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析全流程
拖拖拉拉用了一年時(shí)間才把GWAS整個(gè)流程捋完，從背景到code、還有過(guò)程中遇到的一些bug以及解決辦法，加起來(lái)也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單，也許以后有新的方法或者...
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GWAS理論 1-1 全基因組關(guān)聯(lián)分析基本概念和材料選擇先把GWAS系列課程看一遍，后面再把不懂的東西再補(bǔ)充上來(lái) 一、概念和理論基礎(chǔ) 全基因組關(guān)聯(lián)分析定義 是對(duì)多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍的遺傳變異（標(biāo)記）多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，獲得基因型，進(jìn)...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析：TASSEL 5.0 Windows版軟件使用教程TASSEL的官方網(wǎng)站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下載文件夾中......
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PCA原理解讀和繪制方法??該教程的PCA繪圖基于ggplot2，可以根據(jù)ggplot2語(yǔ)法對(duì)圖片進(jìn)行額外的修改和保存。 1. 基礎(chǔ) PCA：全稱(chēng)Principal Component Method...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線(xiàn)工具Idiographica，雖然能繪制直的...
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把基因畫(huà)在染色體上之前有一次，我導(dǎo)說(shuō)“能不能把這些基因按順序畫(huà)在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實(shí)現(xiàn)這個(gè)需求的方法。經(jīng)過(guò)一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggplot2畫(huà)了。。。其它方法簡(jiǎn)單地...
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小麥promoter最近看了個(gè)文章介紹plantpan平臺(tái)預(yù)測(cè)promoter，好奇自己研究當(dāng)中那幾個(gè)基因的promoter到底受什么基因調(diào)控。畢竟在不同環(huán)境下表達(dá)不同，不同部位表達(dá)量也不同……...