1. 官網(wǎng)查看版本，因為7.2.0兼容低通量的數(shù)據(jù)，所以決定安裝7.2.0 2. 按照個人習(xí)慣，網(wǎng)上搜安裝帖子，出現(xiàn)兩個問題 1）wget 下載報錯，可能是因為鏈接權(quán)限的...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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cellranger 安裝的問題
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#保存文件 write.table(final_gene$Var1,paste0(pro,"_gene_v2.txt",sep = ",",quote = F,row.nam...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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CeleScope安裝報錯
按照官網(wǎng)教程安裝CeleScope： 出現(xiàn)各種 Cython.Compiler.Errors.CompileError: 以及 note: This error origin...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化。ScaleData()[http...
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R使用筆記: ggplot2做boxplot的幾個細節(jié)本次筆記內(nèi)容：fill =的位置： ggplot(aes(fill = )) & geom_boxplot(fill = ) & geom_boxplot(aes(fill ...
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非靶向 | 靶向代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析總結(jié)-綱要@(Dayueban)[靶向|非靶向|代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析] 導(dǎo)讀 如今組學(xué)數(shù)據(jù)的產(chǎn)出量日益龐大。代謝組學(xué)數(shù)據(jù)也是如此，隨著科技的創(chuàng)新和技術(shù)的變革，允許科研工作者們通過大樣本數(shù)據(jù)...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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Error in convert_annotations(annotation_col, annotation_colors) : Factor levels on variable do...
關(guān)于 pheatmap 作圖時的報錯 作圖時，顏色向量沒有和注釋數(shù)據(jù)框里的向量作匹配（偷懶），所以出現(xiàn)以下報錯，解決辦法：指定每個顏色對應(yīng)的名稱。 aa <- unique(...
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表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理，最簡明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我們常常聽到一個詞Call Peak。Call Peak究竟是什么東西，得到的結(jié)果又...
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Seurat單細胞分析常見代碼-021.R程序并行運算和調(diào)整R內(nèi)部允許的對象大小的限制 默認是500 * 1024 ^ 2 = 500 Mb future在seurat的具體應(yīng)用詳見：https://satij...
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單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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ggpubr包系列學(xué)習(xí)教程(一)ggpubr: 'ggplot2' Based Publication Ready Plots 一款基于ggplot2的可視化包ggpubr，能夠一行命令繪制出符合出版物要求...
