安裝時(shí)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)： 原因： MACS2 2.2.7.1的requirement寫錯(cuò)了解決;去/usr/local/python3/lib/python3.9/site-pack...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：安徽
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cellphonedb v5注意事項(xiàng)
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Scanpy中sc.tl.rank_genes_groups得到LFC為Nan錯(cuò)誤情況：出現(xiàn)Nan 根據(jù)https://github.com/scverse/scanpy/issues/653[https://github.com/scverse/sc...
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畢業(yè)論文注意事項(xiàng)
如何讓tab首行縮進(jìn)為2個(gè)字符：https://zhidao.baidu.com/question/210792022.html[https://zhidao.baidu.c...
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序列保守性分析及Seqlogo展示
步驟一：多序列比對(duì) CSV與Fasta文件格式相互轉(zhuǎn)化[https://cdcgov.github.io/CSV2FASTA/] 序列比對(duì)在線網(wǎng)站（只能比對(duì)小于500條序列)...
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細(xì)胞類型鑒定--單細(xì)胞marker基因（持續(xù)修正）細(xì)胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過去，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時(shí)間干點(diǎn)啥不好，裂...
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在scanpy中選擇細(xì)胞
https://scselpy.readthedocs.io/en/latest/Tutorial.html[https://scselpy.readthedocs.io/e...
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bbknn僅對(duì)umap有效
今天試了一下在jupyter看pseudotime 在用Palantir和Cellrank的時(shí)候都出現(xiàn)了一個(gè)問題，就是批次效應(yīng)非常明顯，明明已經(jīng)用bbknn去批次了，但是擬時(shí)...
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Adobe illustrator科研組圖學(xué)習(xí)筆記（針對(duì)Mac）
繪圖要求（以Cell為例） 畫板一般選擇“l(fā)etter” 字體使用Helvetica或Arial。 分辨率：彩圖≥300 dpi，黑白圖≥500 dpi，線圖≥1000 dp...
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monocle2 擬時(shí)間分支點(diǎn)分析結(jié)果解讀How to map cell fate to branches? 擬時(shí)間分析結(jié)果有很多重要的結(jié)果，但是這些結(jié)果如何解讀？比如下圖的分支點(diǎn)分析結(jié)果： 從圖中可以看到，行代表基...
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monocle 軌跡圖改顏色我們?cè)诓捎胢onocle做細(xì)胞擬時(shí)序分析的時(shí)候，常常會(huì)不滿意于原圖的配色，而軟件自帶的配色是根據(jù)降維后分出的cell type進(jìn)行顏色的分類的 那么我們可以通過 來完成 參考...
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利用matplotlib保存圖片ref[https://blog.csdn.net/baidu_41798699/article/details/120267005] 一定要保存為嵌入字體信息的PDF，不然...
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BayesPrism|反卷積R包的使用方法官方網(wǎng)站：BayesPrism Gateway[https://www.bayesprism.org/pages/tutorial_deconvolution] 參考文獻(xiàn)：C...
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批量讀取cellranger以構(gòu)建adata
首先構(gòu)建一個(gè)dataframe，包含相關(guān)的metadata 讀取內(nèi)容包括轉(zhuǎn)錄組、TCR和Loom文件，注意看看TCR和轉(zhuǎn)錄組的barcode是否一致 注意，velocyto生...
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批量處理cellranger
為了便于處理，選擇用循環(huán)cellranger count和cellranger vdj來分別處理轉(zhuǎn)錄組和TCR文件，而非用cellranger multi 別忘了修改Fast...
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Md5批量檢測(cè)
參考這個(gè)[https://blog.csdn.net/imliuqun123/article/details/88838785] 最重要的是要把目錄切換到md5里面文件顯示目...
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Importing Pandas gives error AttributeError: module 'pandas' has no attribute 'core' in iPython N...
把那個(gè)Jupyter notebook script的文件關(guān)了重開就可以了
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ANNDATA導(dǎo)出表達(dá)矩陣失敗pd.DataFrame(adata.X)導(dǎo)出為亂碼 原因：稀疏矩陣沒有toarray adata.X=adata.X.toarray()之后： 解決
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fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump處理SRA文件的速度比較最近新發(fā)現(xiàn)一個(gè)工具——parallel-fastq-dump，能多線程運(yùn)行fastq-dump處理SRA文件，而且與另一個(gè)常用的多線程工具fasterq-dump相比，還有-...